實時熒光定量PCR（qPCR）與普通PCR的主要區別在于檢測和定量DNA的方式。在實時熒光定量PCR中，PCR反應產生的DNA會與熒光探針結合，使熒光信號實時監測到PCR反應的進行過程，從而可以在PCR反應進行過程中定量DNA的數量。而普通PCR只能在反應結束后通過凝膠電泳等方法來檢測PCR產物，無法實時監測PCR反應的進行過程。

另外，實時熒光定量PCR的靈敏度更高，能夠檢測到更低濃度的DNA，同時也更準確和可靠，可以避免假陽性結果的發生。因此，實時熒光定量PCR在科研實驗、臨床診斷等領域具有廣泛的應用。